1999年には保健所に引取られた犬猫58.8万匹のうち95.6%が殺処分されました。では2019年は同8.6万匹のうち何％が殺処分されたでしょう？

2019年に保健所に引取られた犬猫8.6万匹のうち38.1％が殺処分されました。

平成11年（1999年）の引き取り数は、25年前の昭和49年（1974年、125万匹）から比較すると半分以下にまで減少していました。しかし引き取られた犬猫の殺処分率は25年経っても横ばいのままだったのです。

この深刻な社会問題に対し、2013年（平成25年）に「動物の愛護及び管理に関する法律」（以下、「動物愛護法」）の改正がなされ、「飼い主はペットが死ぬまで飼い続ける責任がある」など、飼い主やペット事業者の責任や義務が強化されました（平成25年9月1日より施行）。

このことにより保健所は、「ペットが可愛くなくなったから」のように安易な引き取りの申し出を拒否できるようになりました。

また、地方自治体運営の保護センターと民間の愛護団体が協力し、保護動物の世話を行う人材や収容能力の確保、保護センターが単独で引き取った動物の出口能力の確保が可能となり、行政と民間団体の協力体制によって殺処分数を大幅に減少させることが出来ました。

ちなみに動物愛護法は2019年（令和元年）に再び改正され、「犬や猫の情報を記録したマイクロチップ装着の義務」「生後56日以内の犬や猫の販売禁止」「殺傷した場合の懲役や罰金の拡大」など、より厳しい内容へと強化されました（令和2年6月1日に一部を除いて施行）。

環境省　犬・猫の引取り及び負傷動物等の収容並びに処分の状況

この出典について
環境省のサイト「動物の愛護と適切な管理」の下で公表されている資料で、保健所引取りの犬猫に関する統計は、ほぼここしかありません。e-Statには入っていません。
なお同サイトは動物愛護法の啓発の為に開設されたもので、同法の推進に関する様々な情報が掲載されています。